Nasce a Luino (Varese) il 18 agosto 1950. Si laurea in pedagogia presso la Facoltà di Magistero nella città di Genova dove, giovane maestro elementare, inizia la propria militanza nella CGIL-Scuola di cui diverrà segretario generale provinciale nel 1978. Nel 1981 entra a far parte del gruppo dirigente nazionale. Rivestirà la carica di segretario generale nel 1989. Poi passa in Confederazione, per dare vita alla Federazione Formazione-Ricerca della CGIL di cui diverrà segretario generale e capo dipartimento.
Pubblicista, autore di numerosi saggi e articoli sui problemi della formazione, Missaglia ha ricoperto per nove anni l’incarico di magistrato onorario nel Tribunale per i minorenni di Roma. È stato membro di numerose commissioni del Ministero della Pubblica Istruzione ed è attualmente membro del Consiglio nazionale della Pubblica Istruzione.
Nel 2004 decide di tornare a scuola. Attualmente è preside del Liceo «G. Mazzatinti» di Gubbio e cura la sezione «Education» della Fondazione Giuseppe Di Vittorio.